• 1585 - przybycie jezuitów do Gdańska,
• 1592 - dokument erygujący słynne kolegium,
• 1615 - budowa pierwszego kościoła poniżej Raduni,
• 1620 - pierwsze budynki Kolegium.
• 1656 - pożar kościoła podczas II wojny szwedzkiej,
• 1676 - budowa drugiego kościoła w obecnej lokalizacji,
• 1677 - król Jan III Sobieski odwiedza kolegium,
• 1687-89 - budowa nowego konwiktu,
• 1722-55 - obudowa kościoła i dalsze prace nad rozbudową,
• 1777 - powstanie starej dzwonnicy,
• 1781 - erekcja gimnazjum, w którym kształcił się Józef Wybicki, twórca Hymnu Narodowego „Jeszcze Polska nie zginęła”,
• 1807-13 - uszkodzenie kościoła, utrata obu wieżyczek,
• 1826 - rozbiórka kolegium, na którego fundamentach powstała w 1827 roku obecna plebania,
• 1832 - ks. Jakub Brill pierwszym administratorem parafii,
• 1 V 1839 - erekcja parafii św. Ignacego,
• 1945-47 - naprawa dachów i murów kościoła, szklenie okien,
• 1951 - pełna renowacja polichromii,
• 1954-60 - nabycie 2 dzwonów, 10 żyrandoli, 22 kinkietów,
•1961-66 - wyposażenie kościoła w ognioodporne tabernakulum. Przeprowadzenie renowacji obrazów ołtarzowych, wmurowanie tablicy z okazji tysiąclecia chrztu Polski,
• 1967 - zainstalowanie ogrzewania kościoła, zasilanego olejem opałowym,
• 1975 - początek kapitalnego remontu fundamentów konserwacji zabytkowego wystroju zakrystii. Prowadzono starania fundamentów dokumentację techniczną. Wykonano prace konserwatorskie nad odwilgoceniem fundamentowych ścian kościoła,
• 1977 - odnowiono fasadę frontową kościoła. Kontynuowano prace konserwatorskie i malarskie,
• 1988-2005 - wzniesiono Dom Parafialny, przeprowadzono konserwację ołtarzy bocznych, malowanie fasady kościoła, remont organów, dachu kościoła i odzyskanej szkoły. Przeprowadzono kapitalny remont plebani. Pozyskana środki na zakup i montaż witraży oraz prowadzone są starania, by świątynię upiększyły kolejne witraże,
• 2011 - Metropolita Gdański arcybiskup Sławoj Leszek Głódź dekretem z dnia 21 kwietnia erygował Kapitułę Kolegiacką Staroszkocką przy kościele pod wezwaniem św. Ignacego z Loyoli w Gdańsku–Starych Szkotach, który tym samym otrzymał zaszczytny tytuł Kolegiaty Staroszkockiej, a ks. kanonik mgr Henryk Kilaczyński został prałatem prepozytem,
• 25 VI 2011 - inwestytura Kapituły oraz inauguracja Kolegiaty Staroszkockiej w Gdańsku Starych-Szkotach.
Proboszczowie parafii
• ks. Jakub Brill (1843),
• ks. Jan Schwaln (1866, okres Kulturkampfu),
• ks. Franciszek Scharmer (1881), troszczył się o chóralny śpiew i piękną muzykę kościelną,
• ks. dr Franciszek Schroter (1891), współzałożyciel katolickiego sierocińca i domu dla upośledzonych, obecnie „Dom Dziecka”,
• bp Konstantyn Dominik (w latach 1897-98 posługiwał jako wikariusz w parafii), zmarł w opinii świętości,
• ks. Antoni Behrendt (1900), kościół zawdzięcza mu ufundowanie w 1905 roku drogi krzyżowej i sprowadzenie z Kolonii nad Renem obrazu przedstawiającego historię nawrócenia św. Ignacego, znajdującego się w nastawie ołtarza głównego,
• ks. Franciszek Behrendtt (1926), wraz z wikariuszem wybudował dużą ochronkę parafialną z kaplicą półpubliczną na ul. Nowiny 9,
• ks. dr Jan Jastak (1935), w czasie II wojny światowej i oblężenia oraz zdobycia Gdańska przez wojska radzieckie trwał pośród swoich parafian, nie opuścił owieczek. Dzięki znajomości języka niemieckiego i rosyjskiego uchronił kościół od kradzieży przez żołnierzy,
• ks. Władysław Ciechorski (1945-75), remontuje kościół i zakrystię po zniszczeniach wojennych,
• ks. dziekan Władysław Żywiński (1975-82), dziekan dekanatu Gdańsk I,
• ks. dr Ernest Klejnert (1983), przeprowadził malowanie kościoła i konserwację ołtarza głównego. Otworzył podziemia kościoła,
• ks. mgr Henryk Kilaczyński (1987-2023),
• ks. mgr Grzegorz Leszczyński ( od 2023)
Ołtarz główny
Drewniany, pochodzący z XVIII wieku, ufundowany w 1756 roku przez biskupa warmińskiego Adama Grabskiego. Obraz w ołtarzu przedstawia „Powołanie św. Ignacego do naśladowania Pana Jezusa i nawracania narodów”. Obraz namalował nijaki artysta Schut w roku 1632, utrwalił swoje nazwisko na obrazie, na kole św. Katarzyny. Dzieło nabył dla kościoła ks. proboszcz Behrendt w 1908 roku w Kolonii z kościoła Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny.
Zakrystia
Zakrystia jest obecnie najstarszym budynkiem pochodzącym z 1704 roku. Bardzo obszerna i wyposażona w piękną boazerię i szafy z drzwiami na któryc,h znajdują się rzeźby: Dobry Pasterz, Ostatnia Wieczerza, Ofiara Melchizedecha, Pan Jezus w Ogrójcu, umywanie nóg Apostołom oraz ofiara Izaaka. Na szafach ustawiono herby fundatorów i dobrodziejów kościoła: Donhoffów, Grabowskich oraz biskupów: Rozrażewskiego, Ostrowskiego i Czapskiego. Zakrystia jest jedną z piękniejszych w Polsce.
Ołtarze boczne
Opat pelpliński Hieronim Turno ufundował ołtarz św. Franciszka Ksawerego z kamienia ciosanego w 1756 roku. Ołtarze boczne w prezbiterium wykonano w 1762 roku z marmuru zakupionego w Holandii. W 1764 roku rozpoczęto budowę pozostałych ołtarzy bocznych, które miały być pokryte imitacją marmuru, stiukowe. W latach 1762 - 1766 brat Stanisław Sienicki SI malował obrazy dla kościoła. W 1765 roku, kiedy biskup kujawski ntoni Ostrowski konserwował kościół jezuitów, było już w nim 10 ołtarzy. Oprócz ołtarza św. Franciszka Ksawerego znajdują się w kościele ołtarz Maryjny „Kochaj Maryję Sercem Jezusa”, ołtarz Serca Pana Jezusa „Kochaj Jezusa Sercem Maryi”, ołtarz Trójcy Świętej, ołtarz św. Alojzego Gonzagi, ołtarz św. Rodziny – dziś ołtarz Miłosierdzia Bożego, ołtarz biskupów męczenników - św. Wojciecha i Stanisława, ołtarz św. Jana Nepomucena oraz św. Stanisława Kostki.
Organy
Budował je w 1872 roku pan Terlecki z Elbląga, obudowa barokowa, 27 głosów.
Dzwonnic
Barokowa, drewniana, pochodząca z 1777 roku oraz dzwon z 1615 roku.
Ambona
Barokowo-rokokowa, XVII wieczna, zakończona postacią św. Franciszka Ksawerego, misjonarza w Indiach. Cztery kolorowe figurki na ambonie reprezentujące narody z czterech krajów świata.
Do zabytków kościoła zaliczyć trzeba feretron z 1745 roku z pięknym obliczem Matki Bożej i Dzieciątka Jezus oraz obrazem św. Józefa.
